La manera más práctica sería importando el archivo .XML del documento electrónico, como muestra este artículo.
Para registrar manualmente, ingresa a la pantalla de "Facturas" correspondiente (en el AG91 para granos, AI71 para insumos, y AF31 para gastos financieros), crea un nuevo registro, y en seguida deberás seleccionar el botón "+" para en el Campo "Timbrado" y elegir la opción "Electrónico".
Enseguida, deberás poner 01/01/3000 para la fecha de vencimiento, ya que los timbrados electrónicos no tienen vencimiento.
Cuando hayas guardado el timbrado electrónico de la factura, te va a saltar automáticamente un campo llamado "Código de control (CDC)" en donde vas a indicar el CDC de la factura del proveedor.
Enseguida, es solo guardar la factura y ya está. 😉